roscrito en Trieste donde establece,
bajo la protección del emperador de Austria, la sede provisoria de la Orden,
Fray Fernando von Hompesch envía a las grandes potencias una protesta por la
traición de Napoleón. El general ha violado abiertamente la neutralidad de
Malta y les afirma que retendrá siempre válida su soberanía en la isla que le
ha sido sustraída por la fuerza. Protestó también por el atropello el rey de
Nápoles y Sicilia, pero todo quedó como antes. Sin embargo, el comportamiento
de los franceses inducirá bien pronto a los malteses a rebelarse permitiendo así
la intervención de las potencias aeropeas. El comando de las operaciones estará
a cargo de los ingleses que, finalmente, ocuparán y se adueñarán de la isla.Mientras tanto, como era fácil prever, la pérdida de Malta tuvo fuertes repercusiones entre los miembros de la Orden. Los Caballeros del Gran Priorato de Rusia y los polacos declararon depuesto a von Hompesch y el 7 de noviembre de 1798 eligieron Gran Maestro al zar Pablo I. Una situación que puso a la Santa Sede en gran dificultad. El Pontífice romano no podía aceptar que un solo Gran Priorato, en forma absolutamente contraria a cualquier regla canónica depusiese al Jefe de la Orden de San Juan sin más y antes de que el predecesor hubiere abdicado. A esto se añadía que, además de no ser católico, Pablo I era casado. Pío Vi se negó enérgicamente a reconocer al soberano como Gran Maestro a pesar de que, amenazado por Napoleón, veía en el imperio ruso un posible aliado.
Entre tanto, convencido por la corte de Viena de que la ayuda rusa era necesaria, el 6 de julio de 1799 abdicaba von Humpersch. Un paso importante porque aunque no "de jure", Pablo I se convertía en Gran Maestre "de hecho".
Aunque ortodoxo, el zar respetó la catolicidad de la Orden bajo todos los aspectos y en un momento histórico muy confuso y difícil como fue el provocado por las guerras napoleónicas concluyó por salvar la continuidad histórica de la Milicia de San Juan.
Pero en la noche entre el 11 y 12 de marzo de 1801, Pablo I fue muerto en el castillo de Michajlovskij en Petersburgo. Aunque asegurando a la Orden su protección, el hijo, Alejandro I, no reclamó para sí el Gran Magisterio y para elegir al sucesor del Padre, propuso que cada Lengua designara de su seno algún candidato para someterlo al Pontífice, a quien reconoció el derecho de designar al Gran Maestro.
Un procedimiento insólito que, dada la situación, fue aceptado también por los firmantes del tratado de Amiens (1802) que había previsto, entre tanto, la restitución de Malta a los Caballeros.
El 9 de febrero de 1803, Pío VI designó Gran Maestro a Fray Juan Bautista Tommasi, al cual desde San Petersburgo, el zar le remitió las insignias que fueron de su padre. Fijada la residencia en Mesina, como primer acto Tommasi encargó a su Lugarteniente establecer, con los representantes de las potencias europeas, el procedimiento para la reentrega de la isla.
Las esperanzas de los Jerosolimitanos de volver a su antigua patria demostraron muy pronto ser vanas. Con el tratado de París de 30 de mayo de 1814, Malta fue definitivamente asignada a la Gran Bretaña y de nada valieron los reclamos y las protestas de los delegados de la Orden en los Congresos de Viena y Aquisgrán. Vana también la tentativa hecha por el Congreso de Verona de obtener cualquiera otra isla.
En 1805 murió en Catania, donde se había transferido el convento, el Gran Maestre Tommasi. A causa de los eventos bélicos los representantes de las diversas Lenguas no lograron reunirse y el Papa autorizó al Consilio Compito elegir, de acuerdo a la norma de la Constitución , un Lugarteniente del Gran Maestre.
Todavía años difíciles en búsqueda de un arreglo decoroso. Pero finalmente, después de un breve paréntesis en Ferrara, en 1834 el Lugarteniente Fray Carlos Cándida, elegía el antiguo palacio Malta, en Roma, que había sido la residencia del representante de la Religión ante el Romano Pontífice.
Después de tanto peregrinar, los Juanbautistas arribaban a la capital de la cristiandad, encontrando la solución más lógica a sus numerosos problemas. La mayor parte de los Prioratos ya no existía y centenas de Caballeros estaban dispersos, sin guía, en varias naciones. Era necesario reorganizar lo más pronto sus acciones y demostrar la vitalidad de una institución que, aunque no dispone de un territorio, continuaba siendo reconocida como ente soberano por las potencias europeas. Una larga y compleja labor de reconstrucción, esperaba a los hombres de la blanca Cruz Octágona, que habían tenido que afrontar, una vez más, años de fatigas y de trabajos. Pero, como en Rodas y en Malta, también en la Ciudad Eterna los hijos de San Juan sabrán levantar el glorioso estandarte de la "Sacra Milicia" y reemprender en el difícil camino de la historia.
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